Offre d'emploi DATA MANAGER SEQUENCAGE Avec valence informatique - AURAGEN - H/F - HCL Hospices Civils de Lyon

Offre d'emploi

Offre d'emploi DATA MANAGER SEQUENCAGE Avec valence informatique - AURAGEN - H/F - HCL Hospices Civils de Lyon

Annonce déposée le lundi 25 mars 2019 à 13h10
Date limite des candidatures : vendredi 26 avril 2019

Etablissement

HCL Hospices Civils de Lyon
3 Quai des Celestins BP 2251
69229 Lyon

Site géographique de l'offre

HCL Hospices Civils de Lyon
3 Quai des Celestins BP 2251
69229 Lyon

Détail de l'offre

Poste proposé
DATA MANAGER SEQUENCAGE Avec valence informatique - AURAGEN - H/F
Contrat(s)
CDI;Détachement;Mutation
Descriptif

ÉTABLISSEMENT

AURAGEN AUvergne Rhône-Alpes Génomique
PLATEFORME DE SEQUENÇAGE TRES HAUT DEBIT A VISEE SANITAIRE
Groupement Hospitalier Centre
Bâtiment 7
5 Place d’ARSONVAL
69003 LYON cedex 03


CARACTÉRISTIQUES GÉNÉRALES DU SERVICE/LABORATOIRE
Le projet AURAGEN est un des deux projets retenus dans le cadre du Plan France Médecine Génomique 2025 (PFMG2025). Il prévoit la mise en place d’une plateforme de séquençage très haut débit à visée sanitaire localisée sur l’hôpital Edouard Herriot, dont l’objectif est de produire, à terme, 18 000 équivalents génomes par an. Cette plateforme aura pour mission de recevoir les prélèvements, extraire l’ADN, préparer les librairies et réaliser des exomes, transcriptomes et génomes entiers. L’environnement de la plateforme est le Groupement Hospitalier Centre avec les services support des HCL.



DÉFINITION GÉNÉRALE DU POSTE

• Le data manager séquençage de la plateforme AURAGEN aura 5 principales missions :
o Assurer le flux des données sur la plateforme de séquençage, jusqu'au cluster de calcul de Grenoble.
o Réaliser les contrôles qualité post-séquençage et procéder aux correctifs éventuels en lien avec les techniciens de la plateforme.
o Seconder l’ingénieur informatique pour la gestion des systèmes d’information, des réseaux et la sécurité du SI
o Participer à la conception de tableaux de bord permettant de suivre l’activité et la qualité de la plateforme
o Conseil et formation.

PRINCIPALES ACTIVITÉS DU POSTE

1) Assurer le flux des données sur la plateforme de séquençage, jusqu'au cluster de calcul de Grenoble
o Contrôler le flux de données informatiques en amont du séquençage (LIMS) et aval (serveur tampon).
o Vérifier que les données ont été transférées sur le cluster de Grenoble
o Gérer/Corriger les problèmes éventuels de transfert
o Aide à la mise en place d’une solution de stockage temporaire en cas de coupure réseau de grande envergure
2) Réaliser les contrôles qualité post-séquençage et procéder aux correctifs éventuels en lien avec les techniciens de la plateforme
o Examiner les fastQC et valider la qualité des runs (en lien avec les bioinformaticiens de l'axe 3).
o Procéder aux correctifs en cas d'anomalie
3) Seconder l’ingénieur informatique pour la gestion des systèmes d’information, des réseaux et la sécurité du SI
o Participer au paramétrage du LIMS pour répondre aux besoins de production
o Aide au maintien en conditions opérationnelles du Système d’Information de la plateforme AURAGEN (mises à jour correctives, évolutives, préventives (pilotage, planification / mise en œuvre …), industrialisation / automatisation des outils, maintien à jour des documentations) et mise en place d’outils de surveillance et de tableau de bord technique (gestion des performances du SI).
o Suppléer l’ingénieur informatique en cas d’absence.
4) Participer à la conception de tableaux de bord
o Participer à la conception / exploitation de tableaux de bord et outil de pilotage de la plateforme
o Participer à l'automatisation progressive des QC post-séquençage (en lien avec les bioinformaticiens de l'axe 3).
5) Conseil et formation
o Etre force de proposition sur les évolutions techniques
o Anticiper les besoins et savoir proposer une vision à court moyen termes dans le respect des budgets et moyens de la plateforme
o Former et accompagner les utilisateurs, étudiants, stagiaires

LIENS HIERARCHIQUES
• L’ingénieur informatique
• Le cadre de santé
• Le cadre supérieur de santé



LIENS FONCTIONNELS

• Les responsables médicaux et techniques de la plateforme
• Les biologistes impliqués dans les différentes activités
• Les ingénieurs informatiques et qualité
• Le cadre de santé
• Les services supports HCL (DSII, DIBE, STBM, DA, …)
• Les bio informaticiens d’AURAGEN

DIPLOME ET CONNAISSANCES ASSOCIÉES

• Titulaire d’un diplôme de niveau (Bac +2)
• Bonne connaissance des systèmes d’exploitation Linux/Unix, Windows,
• Connaissance de langages de programmation (par ex : bash, perl ou python, R, C, java,...)
• Capacité à discuter avec différents professionnels : bioinformaticiens, biologistes, techniciens, secrétaires, …
• Des connaissances en bioinformatique et, en particulier concernant le séquençage à haut débit seront un plus
• Connaissances des règles d’hygiène et de sécurité au travail

QUALITÉS REQUISES

• Capacité à communiquer et s’adapter au travail en équipe
• Connaissance de l’anglais technique
• Sens de l’organisation et rigueur méthodologique
• Sens des responsabilités
• Précision, rigueur dans l’organisation et l’exécution du travail
• Capacités à suivre des instructions de travail
• Conscience professionnelle
• Disponibilité, autonomie
• Respect du secret professionnel
• Respect des règles de qualité et de sécurité (Norme 15 189 ou BPL, risques professionnels, …)
• Capable de faire un retour synthétique du travail effectué et des difficultés rencontrées
• Intérêt pour les sciences biologiques et plus particulièrement pour la génétique


CONDITIONS DE TRAVAIL - EVOLUTION DU POSTE
Poste à 100%, Poste à repos fixe

28 CA/an + 20 RTT/an (journée de solidarité à déduire)

Horaires adaptés à l’organisation du travail

Week-end :
- Possible travail le week-end en fonction de l’évolutivité de l’activité et des contraintes dues aux équipements
- Possibilité d’astreinte.

Poste à pourvoir en mars 2019

Personne à contacter
 Transmission dossier de candidature (CV et lettre motivations) par mail à :
nicole.eyraud@chu-lyon.fr
damien.sanlaville@chu-lyon.fr
avec copie à : sihem.kheddouci@lyoningenierie.fr; christophe.benoit@chu-lyon.fr

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