Offre d'emploi Ingénieur Système de la plateforme Big-Data de l’AP-HP (2019-108) - Assistance Publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)

Offre d'emploi

Offre d'emploi Ingénieur Système de la plateforme Big-Data de l’AP-HP (2019-108) - Assistance Publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)

Annonce déposée le mercredi 18 septembre 2019 à 18h13
Date limite des candidatures : samedi 30 novembre 2019

Etablissement

Assistance Publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)
3, avenue Victoria
75184 Paris

Détail de l'offre

Poste proposé
Ingénieur Système de la plateforme Big-Data de l’AP-HP (2019-108)
Contrat(s)
CDI
Descriptif

Le directeur général a engagé une réforme de l'APHP (dite "nouvelle APHP") qui vise à redonner à l'APHP les moyens d'affronter les grands défis de l'avenir dans ses trois principales missions : le soin, l'enseignement et la recherche. Cette réforme conduira notamment à revoir l'organisation et le fonctionnement des différents niveaux de responsabilité de l'APHP. Pour la direction générale et ses directions fonctionnelles, il s’agit, tout en réaffirmant le rôle et les missions stratégiques du siège de l’APHP, d’engager un mouvement de déconcentration des enjeux et décisions opérationnelles. Cela conduit à redéfinir les missions et la structure du siège, qui doit désormais être resserré sur ses missions stratégiques. Cette fiche de poste s’inscrit dans ce contexte et peut être amenée à évoluer dans ce cadre.

Ce poste est ouvert en priorité à des professionnels du siège de l'APHP qui souhaiteraient exercer une mobilité. Les candidatures internes issues des groupes hospitaliers seront également étudiées. Les candidatures externes sont elles aussi les bienvenues.

L’AP-HP
L'Assistance Publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) est le centre hospitalier universitaire (CHU) d’Île-De-France. Ses missions sont le soin, la recherche et l’enseignement. À dimension internationale, il est constitué de 38 hôpitaux, organisés en 12 groupes hospitaliers. Accueillant plus de 7 millions de patients par an, il possède un budget annuel de près de 7,2 milliards d’euros.

La Direction des Systèmes d’Information au sein de l’AP-HP a en charge :

• La planification et le pilotage général des systèmes d’information ;
• La préparation des décisions du comité stratégique des systèmes d’information de l’AP-HP, ainsi que des comités de pilotage gestion, patients et innovation et recherche ;
• L'organisation et l'alignement de la fonction générale «système d'information» sur les objectifs de I'AP-HP
• La mesure et la gestion de la performance et des risques liés aux systèmes d'information ;
• La gestion du portefeuille des projets de systèmes d'information ;
• La maîtrise d’œuvre des projets informatiques ;
• La maîtrise d’ouvrage des projets des SI cliniques ;
• La gestion budgétaire et le contrôle de gestion informatiques ;
• La gestion prospective des emplois et des ressources humaines affectées aux systèmes d’information ;
• La coordination des groupes hospitaliers pour le domaine informatique ;
• La gestion de la sécurité des systèmes d’information.


La Direction des Systèmes d’Information (DSI) a pour mission d'assister le Directeur Général de l'AP-HP dans la conception, le pilotage et la mise en œuvre de la politique de son système d’information. Elle est rattachée au secrétariat général de l’AP-HP.

Le budget annuel de la DSI est d’environ 195M€ ; elle réunit environ 370 agents.

Le département Web INnovation Données (WIND) au sein de la DSI a en charge :

• À travers le domaine Web, la gestion des portails internet de l’institution, les outils collaboratifs, les applications mobiles et les nouveaux téléservices de l’AP-HP permettant de dématérialiser les relations avec le patient ;
• À travers le domaine Données, le développement de l’entrepôt de données de santé de l’AP-HP et l’organisation de la mise à disposition des données à des fins de recherche, de pilotage et d’innovation ;
• À travers la plateforme Bio-Informatique : la proposition d’une offre de services et d'expertise aux pôles de biologie de l’AP-HP face aux besoins dans leur gestion informatique du séquençage, qu’il s’agisse de l’infrastructure, des logiciels avec leurs ressources de calcul associées, ainsi que de l’expertise métier en bio-informatique ;
• A travers le domaine BNDMR (Banque Nationale de Données Maladies Rares) : le pilotage d’un projet national visant à développer, maintenir et déployer une application de collecte de données dans le cadre du soin (BaMaRa- Base Maladies Rares) et la mise en place d’un entrepôt de données national sur les maladies rares.

Le département a par ailleurs comme mission de favoriser l’Innovation, en lien avec la direction du pilotage et de la transformation (DPT) : le développement progressif d’une offre permettant l’organisation d’évènements dans les hôpitaux (conférences, cafés, hackathons, etc.), le soutien aux projets les plus prometteurs, et plus généralement l’organisation de la veille et la prospective sur les transformations numériques et leur impact sur l’hôpital.

Le département WIND réunit environ 50 employés.


L’équipe Entrepôt de Données de Santé (EDS) au sein du département WIND et du pôle Données a en charge :

L’Entrepôt de Données de Santé (EDS) a pour mission principale de récupérer, de stocker, et de standardiser les données médicales issues des 40 hôpitaux de l’AP-HP ainsi que de proposer aux chercheurs des outils d’analyse de ces données.
De par la quantité très importante de données, l’EDS a mis en place des outils Big-Data dont Hadoop (HDFS, Hive, Spark, Solr, HBase, …). Ces outils sont accessibles via une plateforme web d’analyse à destination des data-scientists et chercheurs, il s’agit de Jupyter. À ces deux briques principales s’ajoutent diverses bases de données et applicatifs permettant entre autres l’annotation de données, la standardisation des données, la communication sur l’EDS, le requêtage instantané sur données, la mise à disposition d’APIs pour d’autres services internes etc.

La plateforme est à ce jour constituée de plus de 65 machines physiques, dont une plateforme Hadoop totalisant 840coeurs, 5To de RAM et 1.8Po de disque. L’EDS est aussi équipée de GPUs pour le calcul matriciel et notamment pour des applications en machine learning (IA). Cette plateforme est vouée à s’agrandir. Elle contient aujourd’hui les données médicales de plus de 8 millions de patients (20 millions de dossiers médicaux, plus de 10 millions de diagnostics, 181 millions de résultats de laboratoires…). Un travail important de standardisation des données est en cours afin de s’aligner sur les standards internationaux et assurer une interopérabilité maximale des données (OMOP, FHIR et les terminologies médicales de référence LOINC, CIM…). Plus de 30 projets de recherche sont actuellement en cours.

L’EDS a à cœur d’utiliser et de développer des solutions Open Source. L’équipe contribue une partie de son travail en ligne et a pour philosophie le partage de connaissances et de compétences.

L’EDS travaille avec des médecins, des universitaires, des organismes publics, des startups et des industriels pour arriver aux découvertes scientifiques de demain.

L’AP-HP souhaite désormais industrialiser et accélérer la mise en place de l’entrepôt de données de santé et créer ainsi un nouveau domaine « Plateforme Big Data » au sein du département WIND, qui aura pour objectifs :
• De faire évoluer l’architecture de la plateforme dans son ensemble afin de répondre aux besoins métiers, et réglementaires (sécurité, traçabilité…)
• D’accélérer et consolider les processus d’intégration des données
• De développer les outils nécessaires à la mise à disposition de ces données pour la communauté scientifique
• De développer les interfaces nécessaires à l’alimentation de l’ensemble des systèmes d’information nécessitant un accès à ces données (Portail Patient AP-HP, logiciels métiers…)
• De créer des interfaces avec d’autres Systèmes tels que le Health Data Hub ou des réseaux de CH(U) à l’échelle régionale, nationale et Européenne

Il s’agit ainsi d’un nouveau domaine à créer et structurer afin de répondre aux objectifs ambitieux que se donne l’AP-HP pour développer l’usage de ses données, et notamment permettre l’émergence et le développement de l’intelligence artificielle dans le domaine médical. Le domaine Plateforme Big Data sera structuré en trois équipes :
• Une équipe Recherche et Développements
• Une équipe Administration et Architecture
• Une Equipe Intégration de Données

L’équipe Plateforme Big Data sera composée, d’environ 15 professionnels techniques. Ces effectifs seront amenés à s’agrandir suite aux récents partenariats engagés avec le Health Data Hub et des industriels.

L’équipe « Administration et Architecture » est à créer. Ce poste constitue ainsi l’une des premières briques de mise en place de cette équipe.

Mission générale :

L’administrateur.trice de plateforme big-data du nouveau domaine Plateforme Big Data aura pour mission principale de d'assurer le bon fonctionnement du parc informatique à travers sa maintenance, du monitoring, un renfort sécuritaire et son évolution en coordination avec les équipes responsables du centre de données de l'APHP.
L’enjeu principal des mois à venir est de renforcer la plateforme à travers la conteneurisation de services et de participer à la transition déjà engagée permettant de transformer le « Data Warehouse » actuel en un « Data Lake » construit sur une architecture Big Data.

Chaque année, des objectifs précis seront établis en lien avec le responsable hiérarchique.

Missions principales :


• Assurer le bon fonctionnement de la plateforme et des outils existants à travers sa maintenance et l’utilisation d’outils de monitoring.
• Contribuer à renforcer la sécurité de la plateforme et à la mise en place de bonnes pratiques.
• Participer à l’architecture de la plateforme EDS en proposant des solutions pour son amélioration et son évolution.
• Participer à la transition d’applicatifs vers une plateforme Kubernetes.
• Participer à la mise en place d’outils de suivi et de monitoring de la plateforme.
• Mettre en place des accès sécurisés et monitorés de bout en bout pour l’accès aux outils de l’EDS (HTTPS, VPN, authentification, AD-LDAP, OpenID, Kerberos…).
• Réaliser une veille technologique.
• Documenter le travail réalisé.

Savoir-faire requis

Compétences requises :
• Maîtrise avancée des systèmes d’exploitation Linux (Centos, Ubuntu…)
• Maîtrise de la sécurité d’une plateforme informatique
• Maîtrise d’au moins un langage de script (Bash, Python…)
• Maîtrise d’au moins un outil d’automatisation (Ansible, Chef, Puppet…)


Compétences appréciées :
• Docker, Kubernetes
• Systèmes de calculs distribués (Hadoop…)
• Systèmes de sauvegarde et de restauration de données
• Optimisation de SGBD (PostgreSQL, MySQL, …)
• GPU
• Intégration Continue (CI) et Déploiement Continu (CD)
• Connaissance de la réglementation informatique et libertés


Travail en équipe :
• Concevoir et évaluer un projet / un processus relevant de son domaine de compétence
• Identifier, analyser, prioriser et synthétiser les informations relevant de son domaine d'activité
• Animer / communiquer / motiver une équipe
• Capacité à animer des réunions courtes, avec préparation et compte rendu
• Rédiger et mettre en forme des notes, documents et /ou rapports, relatifs à son domaine de compétence
• Concevoir et rédiger une documentation spécifique à son domaine de compétence (document d'architecture technique)
• S'exprimer en public
• Utiliser les logiciels métier
Connaissances associées

Apprécié :
• Environnement des systèmes d’information hospitaliers
• Enjeux liés à la recherche, à l’analyse de données et aux technologies de machine learning/deep learning, notamment dans le domaine de la santé (santé publique, génétique, épidémiologie…)


PRE-REQUIS

• Ingénieur(e) et/ou MD Informatique
• Expérience significative dans l’administration et l’architecture de systèmes informatiques
QUALITES REQUISES

• Esprit d’équipe et fort sens du relationnel
• Autonomie, rigueur, méthode
• Curiosité et capacité d’adaptation et d’anticipation
• Adhésion aux valeurs du service public et intérêt prononcé pour le domaine de la santé
• Adhésion aux valeurs de partage de connaissances et de compétences

Personne à contacter
Elisa Salamanca
Email : elisa.salamanca@aphp.fr

URL de l'offre
2019-108

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