Offre d'emploi BIO-INFORMATICIEN - Centre Hospitalier Universitaire de Montpellier

Offre d'emploi

Offre d'emploi BIO-INFORMATICIEN - Centre Hospitalier Universitaire de Montpellier

Annonce déposée le vendredi 05 juillet 2019 à 10h48

Etablissement

Centre Hospitalier Universitaire de Montpellier
191 avenue du Doyen Gaston Giraud
34295 Montpellier

Site géographique de l'offre

Hôpital Saint-Eloi
80 avenue Augustin Fliche
34295 MONTPELLIER

Détail de l'offre

Poste proposé
BIO-INFORMATICIEN
Contrat(s)
CDD;CDI;Détachement;Mutation
Descriptif

CONDITIONS D'EXERCICE ET PERIODICITE DE PRESENCE

Lieu d'exercice : CHU de Montpellier
Grade / Grille de référence : Ingénieur Hospitalier
Pourcentage d’activité : 100 %
Type de contrat : Mutation et Détachement prioritaires. Contractuels acceptés


Le laboratoire de génétique moléculaire du CHRU de Montpellier (Pr Michel Koenig) recrute un Ingénieur Hospitalier à temps plein.
Il s'agit d'un poste de bio-informaticien, avec une affectation à mi-temps dans le groupe de diagnostic des Myopathies (Dr Mireille Cossée) et un autre mi-temps en transversal dans le laboratoire (groupe MoBiDiC https://neuro-2.iurc.montp.inserm.fr/mobidic/)

Le groupe Myopathies, constitué sur le versant diagnostic de deux postes de techniciens et d'un poste d’ingénieur effectue le diagnostic moléculaire de pathologies neuromusculaires, avec une approche principalement en séquençage haut débit (NGS) et un focus particulier sur les myopathies de Duchenne et les titinopathies (pathologies dûes à des mutations du gène de la titine).

ACTIVITES PRINCIPALES

• Missions générales

1) Ingénieur dans le groupe Myopathies
Responsable de la stratégie bioinformatique diagnostique d'analyse des données de NGS :
- Panel ciblé (185 gènes) : gestion et amélioration constante de pipelines bioinformatiques d'analyse et d'interprétation de variants en collaboration avec les autres bioinformaticiens du laboratoire.
- Séquençage d'exomes, de génomes, de RNASeq : analyse bioinformatique de données issues de projets de recherche clinique.

Projet : Utilisation d'outils de modélisation de la structure 3D des protéines pour l'évaluation de variants du gène de la titine issus du NGS. Bien qu’aucune expérience ne soit exigée dans ce champ, des connaissances constituent un plus.

Participation à l’écriture de demandes de financements en rapport avec son activité ou celle du groupe, à la diffusion des résultats (posters, présentations orales, articles scientifiques)

2) Ingénieur transversal dans le laboratoire
Participation au groupe de bio-informaticiens du laboratoire, et plus largement du groupe MoBiDiC (groupe de bioinformaticiens du plateau de médecine moléculaire et génomique du CHU de Montpellier).
- Participation active au développement d’une base de données regroupant l’ensemble des variants issus des données NGS du département de génétique du CHU de Montpellier.
- Participation au développement des outils et pipelines d’analyses MoBiDiC.
- Connaissance des outils et thématiques existantes afin de pouvoir prendre le relais en l’absence des autres bioinformaticiens.
- Documentation et présentation des outils développés à visée des bioinformaticiens du groupe, mais aussi des utilisateurs.


• Connaissances et savoir-faire

Expérience en bioinformatique, notamment en analyse de données NGS issues de panels ciblés et d'exomes humains. Une expérience en analyse de données de séquençage de génome et de RNAseq seront un plus.
Bonne connaissance dans la création et la gestion des bases de données (SQL et noSQL) et de langages de programmation (python, perl) et de workflow (WDL, snakemake)

Esprit d'initiative, autonomie, rigueur, gestion de projets
Anglais scientifique

• Contraintes particulières

Poste équivalent temps plein composé de deux 50% :
- un mi temps spécifique pathologie
- un mi temps transversal


PREREQUIS INDISPENSABLES POUR EXERCER

Diplôme : Niveau minimum M2, mais une Thèse doctorale est fortement souhaitée (ou, à défaut, une expérience en analyses de NGS de plusieurs années)

Formations : Formation en biologie, formation complémentaire en bioinformatique

Personne à contacter
Merci d’envoyer votre candidature (CV détaillé et LM) à
recrutementannonce@chu-montpellier.fr
à l’attention de Madame la Directrice des Ressources Humaines et de la Formation

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