Ingénieur en biologie médicale - Département de génétique H/F

Ingénieur en biologie médicale - Département de génétique H/F

CDD; CDI; Mutation

Structure
POLE
INTITULE : BioGem
LABORATOIRE D'ACCUEIL : Département de Génétique site Bichat

Service
Présentation :
La filière FAVA-Multi, labélisée depuis 2015, est une Filière de Santé Maladies Rares dédiée aux maladies vasculaires rares avec atteinte multi systémique. Elle a pour vocation d'animer et de coordonner les actions entre les acteurs impliqués dans leur prise en charge (centres de références et compétence, laboratoires de diagnostic, laboratoires de recherche et associations de patients).

Présentation brèves des différents laboratoires de la filière :
-Le département de génétique de l'hôpital Bichat réalise environ 7000 examens par an. Les pathologies traitées sont nombreuses en particulier en génétique constitutionnelle. Le secteur syndrome de Marfan et pathologies apparentées, labellisé « laboratoire de biologie médicale de référence (LBMR) » représente 1/3 de l'activité totale du laboratoire et travaille en lien avec le centre de référence national et les centres de compétences répartis sur le territoire national.
- Laboratoire HEGP : L'activité se décline autour de 4 thématiques principales Syndrome d'Ehlers-Danlos vasculaire et autres collagénopathies, maladies artérielles disséquantes, Pseudoxanthome élastique et calcifications artérielles. L'activité est en lien avec le Centre de référence coordonnateur des maladies vasculaires rares (CRMVR).
- L'unité d'Onco-angiogénétique et Génomique des tumeurs solides (Responsable Pr. Florence Coulet) appartenant au Département de génétique médicale de l'hôpital Pitié-Salpêtrière a trois thématiques majeures : Oncogénétique constitutionnelle, Oncogénétique Somatique (Génétique des tumeurs) et Maladies vasculaires héréditaires. Dans le cadre de ces dernières, elle réalise le diagnostic de la maladie de Rendu-Osler et du syndrome de malformation capillaire et malformation arterioveineuse (Filière de santé FAVA-MULTI). C'est dans ce secteur de l'angiogénétique que s'inscrit la demande de poste, secteur pour lequel le laboratoire est labellisé « laboratoire de biologie médicale de référence (LBMR).
- L'Unité d'Oncogénétique et de Maladies Multifactorielles (Pr. Calender), est intégrée au sein du service de génétique du Centre Hospitalier Universitaire (CHU) de Lyon, sous la responsabilité du Pr. Sanlaville. Parmi les thématique du laboratoire, le diagnostic de la maladie de Rendu-Osler occupe une place significative et représente une activité historique menée en étroite collaboration avec le Centre de Référence des Maladies Rares dédié à cette pathologie. Le laboratoire réalise également le diagnostic du syndrome malformation capillaire et malformation artérioveineuse.

Composition de l'équipe de l'hôpital Bichat :
1 Chef de Service (PU-PH), 1 MCU-PH, 5 PH, 1 PHU, 1 AHU, 2 internes, 1 ingénieur en biologie médicale, 1 ingénieur en bio-informatique, 22 Techniciens de laboratoire, 3.5 Secrétaires médicales, 1 agent de laboratoire, 1 agent de logistique.
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Liaisons
Hiérarchique Directe :

Cadre de santé : M. DENIS Alexandre 01 40 25 64 35
Chef de projet de la filière FAVA-multi : Julie CHASSAGNE 01 40 25 81 58
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Fonctionnelles :

- Hôpital Bichat : Equipe de coordination du Pôle Biologie, Biologistes du secteur d'activité, équipes médicotechniques du Pôle (Cadres des services et Techniciens), Ingénieurs biomédicaux, fournisseurs de réactifs et de matériel.
- Biologistes, ingénieurs et techniciens des laboratoires de génétique partenaires de la filière FAVA-multi (Pitié-Salpétrière, HEGP, Lyon).

Activités :

1/ L'ingénieur en Biologie sera responsable du développement et de l'optimisation du RNA-Seq ciblé pour les pathologies de la filière FAVA-multi.
Il pourra être amené également à contribuer à l'élaboration d'autres tests fonctionnels en lien avec les pathologies de la filière qui sont :
- Syndrome de Marfan, pathologies de l'aorte ascendante et pathologies apparentées
- Syndrome d'Ehlers-Danlos vasculaire et maladies des artères de moyen calibre
- Maladie de Rendu-Osler-Weber
- Syndrome de malformation capillaire et malformation arterioveineuse

2/ Encadrement et participation à l'élaboration des dossiers de validation de méthodes
Mise en place des procédures.

3/ Veille scientifique et technique.
Recherche et développement de nouvelles technologies. Evaluation d'appareils, expertise de réactifs

4/ Conseil, formation et transfert de compétences aux différentes équipes techniques.

5/ Participation au développement et à l'amélioration des pipelines informatiques en collaboration avec les ingénieurs bio-informaticiens en lien avec les projets confiés.

6/ Publication et interventions lors de congrès scientifiques et journée de la filière FAVA-multi

Quotité de travail :
Base de travail au forfait, 20 jours de RTT + 6 jours protocole local
Horaires de travail :
Plage horaire 8h 18h

Pré requis au poste :
Savoir faire requis
Conduire un projet de recherche
Expérience en biologie moléculaire générale ; analyse de résultats ; utilisation de logiciels de BM (Seqscape, CLC Bio, Design d'amorces )
Expérience en séquençage nouvelle génération et en analyse de transcrits
Notions de bio-informatique
Rédiger un protocole , validation de méthode, élaborer une étude médico-économique
Rechercher et exploiter des sources d'informations professionnelles
Choisir l'équipement et les réactifs adaptés aux besoins

Qualités requises
Communiquer avec les différents partenaires des laboratoires et sur les différents sites (communication intra laboratoire, inter laboratoires et avec les fournisseurs).
Sens relationnel développé : capacité à entretenir et initier des relations de partenariat interne, avec des professionnels et chercheurs de laboratoires externes et des fournisseurs.
Une étroite collaboration avec les biologistes, bio-informaticien, TLM, cadre.
Travailler en réseau avec d'autres laboratoires et des unités de recherche pour échanger des informations techniques et scientifiques.

Les qualités professionnelles et personnelles nécessaires sont :
Capacité à gérer des projets
Autonomie
Rigueur d'analyse.
Adaptabilité, réactivité pour s'informer et se former aux nouvelles techniques.
Sens pédagogique et capacité à partager ses connaissances.

Expérience conseillée

Travail en équipe dans le contexte d'un laboratoire de génétique moléculaire, expérience en génétique moléculaire et séquençage nouvelle génération, mise en uvre de l'informatique appliquée à la génétique moléculaire

AP-HP Hôpital Bichat - Claude-Bernard
46, rue Henri Huchard
75877 Paris

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