INGÉNIEUR HOSPITALIER PhD BIOINFORMATIQUE RetD ONCOGÉNÉTIQUE (F./H.)

INGÉNIEUR HOSPITALIER PhD BIOINFORMATIQUE RetD ONCOGÉNÉTIQUE (F./H.)

CDD

Grade Grille de référence: IH
Type de contrat: Contractuels acceptés
Pourcentage d'activité: 100%
CONTEXTE :
Le laboratoire de Biologie des Tumeurs Solides du CHU de Montpellier assure une activité de référence en oncogénétique somatique des cancers solides, réalisée dans le cadre d'un partenariat étroit et structurant avec l'Institut du Cancer de Montpellier (ICM) et en interaction avec les établissements du GHT.
Le laboratoire souhaite développer des outils bioinformatiques innovants intégrant intelligence artificielle pour améliorer le diagnostic moléculaire et accompagner la prise en charge des patients atteints de cancers solides. Ce poste offre une autonomie importante dans la conception et le développement des outils, avec un impact direct sur la pratique clinique quotidienne.
Lieu d'exercice : Laboratoire de Biologie des Tumeurs Solides CHU de Montpellier Site Unique de Biologie
MISSIONS PRINCIPALES :
Bioinformatique et Intelligence Artificielle (35%)
Développement et maintenance de pipelines bioinformatiques pour l'analyse des données NGS en routine diagnostique (variants, CNV, fusions)
Conception d'outils d'aide à l'interprétation et de classification moléculaire des tumeurs par machine learning
Développement d'approches d'intelligence artificielle explicables (XAI) intégrant données génomiques et cliniques pour accompagner la validation biologique
Outils de visualisation pour l'exploitation des résultats intégrés en routine clinique
Recherche et Développement technologique (30%)
Participation au développement et à la validation des nouvelles approches analytiques (ctDNA, méthylome tumoral, RNA-seq) en collaboration avec l'équipe
Mise en oeuvre de stratégies innovantes sur tissus (FFPE et frais) et biopsie liquide
Contribution spécifique à l'intégration des données multi-analyses : croisement des résultats NGS tissulaire et ctDNA pour le suivi longitudinal, corrélation des profils de méthylation et d'expression pour la classification moléculaire, synthèse des données multi-sources pour l'aide à la décision clinique
Veille technologique et scientifique
Lecture biologique et validation des analyses (20%) Activité quotidienne
Participation quotidienne à la lecture biologique de premier niveau des analyses d'oncogénétique somatique, en appui direct du biologiste médical
Interprétation biologique et moléculaire des données issues des différentes techniques du laboratoire : NGS, ddPCR, méthylation, séquençage Sanger, recherche de fusions
Aide à l'interprétation et rédaction des comptes-rendus d'analyses
Contribution à la validation biologique des résultats dans le cadre du flux continu d'analyses du laboratoire
Participation aux réunions de validation, staffs et RCP en lien avec les équipes cliniques CHU et ICM
Recherche translationnelle et partenariats (15%)
Participation aux projets de recherche du laboratoire et de la plateforme ICM-CHU
Valorisation scientifique des travaux (publications, communications, projets collaboratifs)
Participation au suivi scientifique et technique des projets menés avec l'ICM et les établissements du GHT
ENVIRONNEMENT DE TRAVAIL :
Le candidat intégrera une équipe composée de 2 ingénieurs et de biologistes médicaux. Il travaillera en étroite collaboration avec l'ensemble de l'équipe technique et médicale du service, ainsi qu'avec les partenaires institutionnels (ICM, GHT).
Le laboratoire a accès aux équipements du Plateau de Médecine Moléculaire et Génomique (PMMG) : plateformes NGS (Illumina NextSeq, Aviti), ddPCR, ainsi qu'aux ressources bioinformatiques institutionnelles. Un volume important de données cliniques annotées est disponible pour le développement et la validation des outils.
POSITIONNEMENT INSTITUTIONNEL :
Le poste s'inscrit dans une organisation intégrée CHU-ICM, au service des activités de soin et de recherche en oncogénétique somatique. Activité exclusivement centrée sur l'oncogénétique somatique des cancers solides (hors maladies rares et oncogénétique constitutionnelle).
DOSSIER DE CANDIDATURE :
CV détaillé, lettre de motivation, liste des publications

Hôpital Lapeyronie
371 avenue du Doyen Gaston Giraud
34295 MONTPELLIER

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