Apprenti(e) Concepteur/Développeur informatique bioinformatique F/H

Apprenti(e) Concepteur/Développeur informatique bioinformatique F/H

CDD

L'apprenti(e) participera à :
. La conception, au développement et à l'évolution de pipelines d'analyse bioinformatique ;
. L'intégration, l'automatisation et l'orchestration d'outils de traitement de données génomiques et transcriptomiques ;
. La mise en oeuvre et l'évaluation de nouvelles méthodes d'analyse de variants génétiques et de données omiques ;
. L'exploitation et l'interprétation technique de données issues de technologies variées : DNA-seq, RNA-seq, long reads, transcriptomique et autres jeux de données omiques ;
. La structuration, la fiabilisation et la reproductibilité des traitements informatiques ;
. Le développement de scripts, modules et outils facilitant le contrôle qualité, le post-traitement,
. L'agrégation et la restitution de résultats ;
. La documentation technique des développements réalisés ;
. La veille technologique et méthodologique sur les outils et approches d'analyse en bioinformatique ;
. La participation aux échanges avec les utilisateurs / biologistes / bioinformaticiens pour adapter les développements aux besoins des projets.
Les travaux pourront porter sur :
. Le développement de workflows reproductibles pour l'analyse de données de séquençage ;
. L'évaluation comparative d'outils et de stratégies d'analyse ;
. L'amélioration des performances, de la robustesse et de la traçabilité des pipelines ;
. Le traitement et l'exploitation de données omiques issues de cohortes ou d'activités cliniques ;
. La standardisation des sorties d'analyse et des indicateurs qualité ;
. La contribution à des projets en lien avec les maladies rares, l'oncologie ou d'autres applications de génomique clinique et translationnelle.
Diplôme : Étudiant(e) en Master bioinformatique, informatique, data science, génomique computationnelle ou domaine proche, recherchant un contrat d'apprentissage.
Niveau d'étude : Préparant un master
Niveau d'expérience :
Pré-licence ou licence dans un domaine connexe (Bio-informatique, data science, génomique computationnel)
Compétences :
.Bon niveau en programmation, en particulier Python ;
.Connaissance de l'environnement Linux / shell ;
.Intérêt pour l'automatisation de traitements et les workflows ;
.Appétence pour la gestion de données volumineuses ;
.Intérêt pour la bioinformatique, la génomique et l'exploitation de données cliniques et biologiques ;
.La connaissance d'outils ou concepts de type Git, Docker/containers, workflow managers, formats de données de séquençage constitue un plus.

Prérequis :
.Bon niveau en programmation, en particulier Python ;
.Connaissance de l'environnement Linux / shell ;
Savoir-faire et savoir être :
.Rigueur et sens de l'organisation ;
.Capacité d'analyse et de résolution de problèmes ;
.Goût pour le développement et l'amélioration continue ;
.Capacité à documenter son travail ;
.Anglais niveau professionnel ;
.Aptitude à travailler en équipe pluridisciplinaire.

POUR CANDIDATER :
MERCI DE CLIQUER SUR l'"URL de l'offre" CI-DESSOUS

Assistance Publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)
3, avenue Victoria
75184 Paris