Bio informaticien (ne) 100%- Responsable de la production de pipelines / Cellule Bio-informatique / Laboratoire de Biologie Médicale Multi-Sites / Groupement Hospitalier Est

Bio informaticien (ne) 100%- Responsable de la production de pipelines / Cellule Bio-informatique / Laboratoire de Biologie Médicale Multi-Sites / Groupement Hospitalier Est

L'ÉTABLISSEMENT :
La Direction des Plateaux Médico-Techniques (DPMT) regroupe deux pôles d'activité médicale (PAM : le pôle imagerie et le pôle de biologie et anatomie pathologique (BAP). Le PAM BAP comprend des activités de biologie médicale, d'anatomie et cytologie pathologiques (ACP), de biotechnologies et des activités cliniques de consultation. Les différents services de biologie et ACP, constituent un laboratoire unique nommé Laboratoire de Biologie Médicale Multi-Sites (LBMMS) dont l'activité est articulée autour de 3 centres de biologie et pathologie (CBP) : Centre de Biologie et de Pathologie Nord (CBPN), Centre de Biologie et de Pathologie Sud (CBPS), Centre de Biologie et de Pathologie Est (CBPE). Il comprend aussi le service d'immunologie biologique de l'hôpital Edouard HERRIOT (HEH) et le service de biologie de la reproduction situé à l'HFME.

LE POSTE :
Votre future direction :
La Direction des Plateaux Médico-techniques décline le projet d'établissement au sein de 2 pôles d'activité médicale (PAM) dont 1200 personnels médicaux et paramédicaux qui ouvrent dans le PAM BIOLOGIE ACP. La DPMT poursuit la politique et les orientation stratégiques de la Direction Générale au sein du pôle Stratégie, Parcours et Territoire et est en lien fonctionnel avec le pôle Investissement et Ressources Matérielles.
Votre futur service:
La Cellule Bioinformatique des Hospices Civils de Lyon (HCL) est constituée de 5 bioinformaticiens, 1 développeur web et 2 maîtres de conférences hospitalo-universitaires. Elle est en charge de l'analyse des données de séquençage haut débit à visée diagnostique pour l'ensemble des HCL en lien avec la stratégie de développement du projet de médecine génomique du pole. Elle interagit avec les trinômes de gouvernance des plateformes. L'activité de la Cellule concerne à la fois la génétique constitutionnelle, somatique et l'infectiologie. L'ensemble des analyses bioinformatiques est réalisé via des pipelines développés en interne par les différents membres de la Cellule, en langage Nextflow.
Le Projet stratégique 2035 des HCL fait de la Médecine Génomique l'une de ses priorités des programmes de transformation portant sur les innovations biotechnologiques et la médecine de précision au service des parcours de soins. Dans ce cadre, la Cellule Bioinformatique est amenée à développer un grand nombre de nouveaux pipelines. Cette montée en charge dans la production de nouveaux pipelines conduit à harmoniser, cadrer, et standardiser l'ensemble des pipelines développés en son sein.
Vos futures missions :
Le Projet stratégique 2035 des HCL fait de la Médecine Génomique l'une de ses priorités des programmes de transformation portant sur les innovations biotechnologiques et la médecine de précision au service des parcours de soins.
Dans ce cadre, la Cellule Bioinformatique est amenée à développer un grand nombre de nouveaux pipelines. Cette montée en charge dans la production de nouveaux pipelines conduit à harmoniser, cadrer, et standardiser l'ensemble des pipelines développés en son sein.
Les missions de la personne recrutée seront :
Définition d'un cadre précis pour le développement des nouveaux pipelines (standardisation de la structure du pipeline, de la documentation, écriture des tests unitaires et fonctionnels).
Formation des bio informaticien(ne)s de l'équipe aux pratiques de développement définies.
Participation à la mise en conformité des pipelines existants en collaboration avec les bio informaticien(ne)s qui les ont développés.
Développement de nouveaux pipelines, depuis le recueil des besoins auprès des utilisateurs jusqu'à leur intégration dans l'application web développée aux HCL.
Participation à l'activité de routine diagnostique : réalisation et suivi des analyses de routine, support et formation des utilisateurs.

PROFIL RECHERCHÉ :
Titulaire d'un diplôme de bac +5 (Master 2, d'Ingénieur,etc...) en bio informatique ou domaine connexe, avec 5 ans d'expérience minimum dans le développement de pipelines.
La rémunération sera fixée suivant l'expérience du candidat et selon les grilles applicables de la fonction publique hospitalière.
CDD, avec période d'essai de 4 mois, évoluant vers un CDI au bout de 3 ans.
Poste du lundi au vendredi, en 39h hebdomadaires. 28 CA et 20 RTT par année civile.
Télétravail possible au regard des nécessités de présence sur site dans l'organisation du service.

Compétences souhaitées :
Très bonne maîtrise de Nextflow
Très bonne maîtrise des bonnes pratiques de développement informatique
Maîtrise des stratégies de test logiciel (unitaires, d'intégration, système...) et d'éventuels outils associés applicables à Nextflow
Maîtrise des outils standard utilisés en bioinformatique (outils d'alignement, d'appel de variants, d'annotation, etc.
Maîtrise des langages de script (bash, perl ou python) et de R
Maîtrise des systèmes d'exploitation Linux/Unix
Maîtrise des systèmes de gestion de version (git)
Connaissance des systèmes de conteneurisation (Singularity, Docker)
Connaissance des environnements de calcul scientifique et d'au moins un ordonnanceur (idéalement SLURM)

Qualités requises :
Rigueur et organisation
Très bonne aptitude relationnelle et pédagogique pour travailler en équipe dans un organigramme de responsabilités défini
Autonomie et esprit d'initiative
Curiosité intellectuelle, goût de l'investissement dans des activités nouvelles et variées
Capacités d'auto-formation et de veille technologique
Maîtrise des techniques de présentation écrite et orale, bonnes capacités rédactionnelles (documentation et guide)

CONDITIONS CONTRACTUELLES
Filière : Médico-technique
Etablissement : GROUPEMENT HOSPITALIER EST
Service / Spécialité : Cellule bio informatique du Laboratoire de Biologie Médicale Multi Site
Nature du contrat : CDD
Si applicable, préciser la durée du contrat : CDD, avec période d'essai de 4 mois, évoluant vers un CDI au bout de 3 ans
Quotité de temps de travail : 100%
Modèle Horaires : Poste du lundi au vendredi, en 39h hebdomadaires. 28 CA et 20 RTT par année
civile.
Nature du poste : Non applicable
Catégorie Emploi : Catégorie A
Date de recrutement souhaitée : 01/09/2026
Nom du Cadre Recruteur : Claire BARDEL

Hospices Civils de Lyon - HCL (siège)
3 Quai des Celestins BP 2251
69229 Lyon

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