Bio-informaticien (ne) 100% -Accompagnement RetD / Cellule Bio-informatique / Laboratoire de Biologie Médicale Multi-Sites / Groupement Hospitalier Est

Bio-informaticien (ne) 100% -Accompagnement RetD / Cellule Bio-informatique / Laboratoire de Biologie Médicale Multi-Sites / Groupement Hospitalier Est

L'ÉTABLISSEMENT :
La Direction des Plateaux Médico-Techniques (DPMT) regroupe deux pôles d'activité médicale (PAM : le pôle imagerie et le pôle de biologie et anatomie pathologique (BAP). Le PAM BAP comprend des activités de biologie médicale, d'anatomie et cytologie pathologiques (ACP), de biotechnologies et des activités cliniques de consultation. Les différents services de biologie et ACP, constituent un laboratoire unique nommé Laboratoire de Biologie Médicale Multi-Sites (LBMMS) dont l'activité est articulée autour de 3 centres de biologie et pathologie (CBP) : Centre de Biologie et de Pathologie Nord (CBPN), Centre de Biologie et de Pathologie Sud (CBPS), Centre de Biologie et de Pathologie Est (CBPE). Il comprend aussi le service d'immunologie biologique de l'hôpital Edouard HERRIOT (HEH) et le service de biologie de la reproduction situé à l'HFME.

LE POSTE :
Votre future direction :
La Direction des Plateaux Médico-techniques décline le projet d'établissement au sein de 2 pôles d'activité médicale (PAM) dont 1200 personnels médicaux et paramédicaux qui ouvrent dans le PAM BIOLOGIE ACP. La DPMT poursuit la politique et les orientation stratégiques de la Direction Générale au sein du pôle Stratégie, Parcours et Territoire et est en lien fonctionnel avec le pôle Investissement et Ressources Matérielles.
Votre futur service:
La Cellule Bio informatique des Hospices Civils de Lyon (HCL) est constituée de 5 bio informaticiens, 1 développeur web et 2 maîtres de conférences hospitalo-universitaires. Elle est en charge de l'analyse des données de séquençage haut débit à visée diagnostique pour l'ensemble des HCL en lien avec la stratégie de développement du projet de médecine génomique du pole. Elle interagit avec les trinômes de gouvernance des plateformes. L'activité de la Cellule concerne à la fois la génétique constitutionnelle, somatique et l'infectiologie. En parallèle de son activité courante de diagnostique la cellule bio informatique accompagne aussi les équipes des Hospices Civils de Lyon dans leurs activités de recherche.
Vos futures missions :
Le Projet stratégique 2035 des HCL établi en 2025 a fait de la Médecine Génomique l'une de ses priorités des programmes de transformation portant sur les innovations biotechnologiques et la médecine de précision au service des parcours de soins.
La cellule bioinformatique recrute un(e) bioinformaticien(ne) afin de structurer cette activité d'accompagnement des activités de recherche. Les missions de la personne recrutée seront :
Accompagnement des équipes dans la conception de leur projet et dans la recherche de financement
Réalisation d'analyses bioinformatiques, développement de solutions innovantes, réalisation de preuves de concept
Supervision des bioinformaticiens juniors pour la réalisation des projets
Valorisation des développements réalisés par des publications scientifiques ou par un transfert en diagnostic en lien avec les autres membres de la cellule bio informatique
Réalisation de tests de nouvelles technologies
La personne recrutée devra aussi prendre part aux activités courantes de la Cellule Bio informatique (réalisation et suivi des analyses courantes, support et formation des utilisateurs, validation des outils bio informatiques...) et pourra être impliquée dans l'activité de la plateforme de prestation des HCL.

PROFIL RECHERCHÉ :
Titulaire d'un diplôme de bac +5 (Master 2, d'Ingénieur,etc...) en bio informatique ou domaine connexe, avec 2 ans d'expérience minimum d'analyse de données de séquençage ou de génotypage.
CDD, avec période d' essai de 4 mois, évoluant vers un CDI au bout de 3 ans
La rémunération sera fixée suivant l'expérience du candidat et selon les grilles applicables de la fonction publique hospitalière.
Télétravail possible au regard des nécessités de présence sur site dans l'organisation du service.
Poste du lundi au vendredi, en 39h hebdomadaires. 28 CA et 20 RTT par année civile.

Compétences souhaitées :
Très bonne maîtrise des outils bioinformatiques d'analyse de données de séquençage haut débit (génomique, transcriptomique, méthylation)
Bonne maîtrise des méthodes statistiques d'analyse de données de grande dimension
Connaissance des outils d'intégration multi-omique
Bonne maîtrise des bonnes pratiques de développement informatiques
Maîtrise des langages de script (bash, perl ou python) et de R
Maîtrise de langage de déploiement de pipelines (snakemake, nextflow)
Maîtrise des systèmes d'exploitation Linux/Unix
Maîtrise des systèmes de gestion de version (git)
Connaissance des systèmes de conteneurisation (Singularity, Docker)
Connaissance des environnements de calcul scientifique et d'au moins un ordonnanceur (idéalement SLURM)
Connaissances en machine learning/deep learning

Qualités requises :
Très bonne aptitude relationnelle et pédagogique pour travailler en équipe
Capacité à travailler avec des équipes de biologie hospitalières aux expertises variées, dans un organigramme de responsabilités défini
Rigueur et organisation
Autonomie et esprit d'initiative
Curiosité intellectuelle, goût de l'investissement dans des activités nouvelles et variées
Capacités d'auto-formation et de veille technologique
Maîtrise des techniques de présentation écrite et orale, bonnes capacités rédactionnelles (documentation et guide)

CONDITIONS CONTRACTUELLES
Filière : Médico-technique
Etablissement : GROUPEMENT HOSPITALIER EST
Service / Spécialité : Cellule Bio-informatique du Laboratoire de Biologie Médicale Multi - Sites
Nature du contrat : CDD
Si applicable, préciser la durée du contrat : CDD, avec période d' essai de 4 mois, évoluant vers un CDI au bout de 3 ans
Quotité de temps de travail : 100%
Modèle Horaires : Poste du lundi au vendredi, en 39h hebdomadaires incluant 28 CA et 20 RTT
Nature du poste : Non applicable
Catégorie Emploi : Catégorie A
Date de recrutement souhaitée : 01/09/2026
Nom du Cadre Recruteur : Claire BARDEL

Hospices Civils de Lyon - HCL (siège)
3 Quai des Celestins BP 2251
69229 Lyon

Voir la fiche de l’établissement